Yüzyıllar boyunca Peru kıyılarında yaşayan balıkçılar, bazı yıllarda Noel dönemine yakın zamanlarda deniz suyunun alışılmadık biçimde ısındığını fark etti. Bu sıcak su, kıyılardaki zengin balık sürülerinin kaybolmasına yol açıyordu. Balıkçılar, Noel zamanına denk gelen bu olaya İspanyolcada çocuk anlamına gelen ve İsa'nın çocukluğuna atıfta bulunan El Niño adını verdi. Uzun süre yerel bir olay olarak görülen El Niño'nun, aslında bütün dünyanın iklimini etkileyen dev bir okyanus ve atmosfer olayının parçası olduğu ancak yirminci yüzyılda anlaşıldı.

El Niño'yu anlamak için önce Pasifik Okyanusu'nun normal koşullarını bilmek gerekir. Ekvatorun çevresinde, Pasifik Okyanusu üzerinde genellikle doğudan batıya doğru esen rüzgârlar bulunur. Alize adı verilen bu rüzgârlar, okyanusun ılık yüzey sularını Güney Amerika kıyılarından uzaklaştırarak batıya, Endonezya ve Avustralya'ya doğru sürükler. Bu nedenle batı Pasifik'te deniz yüzeyi daha sıcak ve hatta biraz daha yüksektir. Bu bölgede ılık sular üzerinde yükselen nemli hava, bol yağışlara yol açar.

Ilık yüzey sularının batıya sürüklenmesiyle Güney Amerika kıyılarında boşalan alanı, okyanusun derinliklerinden yükselen soğuk sular doldurur. Bu soğuk sular, besin maddeleri bakımından son derece zengindir. Besin zengini sular, planktonların çoğalmasına ve bunlarla beslenen balık sürülerinin bu bölgede toplanmasına olanak tanır. Peru açıklarındaki sular, bu nedenle dünyanın en verimli balıkçılık alanları arasında yer alır.

El Niño yıllarında ise bu düzen bozulur. Alize rüzgârları zayıflar, hatta bazı durumlarda yön değiştirir. Batıda biriken ılık sular, doğuya doğru, Güney Amerika kıyılarına geri akar. Derinlerden yükselen soğuk ve besin zengini sular azalır. Kıyıdaki deniz suyu ısınır ve balık sürüleri ya ölür ya da başka bölgelere göç eder. Bu durum, balıkçılığa dayalı ekonomiler için ciddi sonuçlar doğurur. Deniz kuşları ve deniz aslanları gibi balıkla beslenen canlılar da bu dönemlerde büyük kayıplar yaşayabilir.

El Niño'nun etkileri yalnızca okyanusla sınırlı değildir. Ilık suların doğuya kaymasıyla birlikte yağış bölgeleri de yer değiştirir. Normalde kurak olan Peru ve Ekvador kıyılarında şiddetli yağışlar ve sel baskınları yaşanabilir. Buna karşın normalde bol yağış alan Endonezya ve Avustralya'da ciddi kuraklıklar ve orman yangınları görülebilir. El Niño, bu yolla binlerce kilometre uzaklıktaki bölgelerin iklimini de etkiler. Hindistan'daki muson yağışları, güney Afrika'daki tarım ve Kuzey Amerika'nın kış koşulları gibi pek çok olay, El Niño ile ilişkilendirilmiştir.

Bilim insanları, El Niño'nun atmosferdeki büyük bir basınç dalgalanmasıyla yakından bağlantılı olduğunu keşfetti. Yirminci yüzyılın başlarında Hindistan'da çalışan İngiliz bir bilim insanı, muson yağışlarını tahmin etmenin yollarını ararken Pasifik'in doğusu ile batısı arasındaki hava basıncının düzenli olarak dalgalandığını fark etti. Bir bölgede basınç yükseldiğinde diğerinde düşüyordu. Bu olaya Güney Salınımı adı verildi. Altmışlı yıllarda ise Norveçli asıllı bir meteorolog, Güney Salınımı ile El Niño'nun aynı olayın atmosfer ve okyanustaki iki yüzü olduğunu gösterdi.

El Niño'nun bir de karşıtı vardır. Bazı yıllarda alize rüzgârları normalden daha güçlü eser ve doğu Pasifik'teki sular normalden daha soğuk hâle gelir. Bu duruma İspanyolcada kız çocuğu anlamına gelen La Niña adı verilir. La Niña yıllarında El Niño'nun etkilerinin genellikle tersi görülür. Pasifik, birkaç yıllık düzensiz aralıklarla El Niño, normal ve La Niña durumları arasında gidip gelir. Bilim insanları bu bütünleşik sisteme El Niño Güney Salınımı adını verir.

El Niño olaylarını önceden tahmin edebilmek, büyük ekonomik ve toplumsal yararlar sağlar. Bu amaçla Pasifik Okyanusu'na, deniz suyunun sıcaklığını ve diğer özelliklerini sürekli ölçen çok sayıda şamandıra yerleştirilmiştir. Uydular da deniz yüzeyinin sıcaklığını ve yüksekliğini izler. Bu verilerle beslenen bilgisayar modelleri sayesinde bilim insanları, bir El Niño olayının gelişmekte olduğunu birkaç ay önceden belirleyebilmektedir. Bu tahminler, çiftçilerin ekim kararlarından hükümetlerin afet hazırlıklarına kadar pek çok alanda kullanılmaktadır.

El Niño, küresel sıcaklıkları da etkiler. Güçlü El Niño yıllarında, Pasifik'in büyük bir bölümünü kaplayan ılık sular atmosfere büyük miktarda ısı aktarır. Bu nedenle güçlü El Niño olaylarının yaşandığı yıllar, genellikle küresel ölçekte rekor sıcaklıkların kaydedildiği yıllar arasında yer alır. Bilim insanları, iklim değişikliğinin El Niño olaylarının sıklığını ya da şiddetini nasıl etkileyeceğini araştırmaktadır; ancak bu konuda henüz kesin bir sonuca varılmamıştır.

Peru'lu balıkçıların yüzyıllar önce fark ettiği bu yerel olay, bugün okyanus ile atmosferin birbirine ne kadar sıkı bağlı olduğunu ve gezegenin bir köşesindeki değişikliklerin dünyanın öbür ucunu nasıl etkileyebileceğini gösteren en çarpıcı örneklerden biri olarak kabul edilmektedir.